Menyadari pendidikan merupakan modal dalam pembangunan dan peradaban, saya mengambil perhatian pada pesantren. Sehingga ketika bergabung dengan Conservation International, mulai terlibat dalam membangun inisiatif divisi Agama dan Konservasi. Dimulai dengan memfasilitasi kegiatan tokoh 33 pesantren besar di Jawa, Sumatera, dan Sulawesi, dalam upaya menggali kearifan lingkungan. Symposium ini menghasilkan dokumen: Menggagas Fikih Lingkungan (INFORM, 2004)
Pada tahun 2005, mulai bekerjasama dengan lima pesantren di Jawa Barat dalam rangka penghijauan lahan pesantren dan sekaligus penyadaran tentang lingkungan. Proyek ini dilaksanakan dalam jangka satu tahun dengan berbagai rangkaian, antara lain Penerbitan Buku Pertama saya: Konservasi Alam Dalam Islam pada 2005 laporan dapat di down load disini (Islamic Boarding School and Conservation (Pdf), Laporan lengkap dari Bank Dunia tentang kegiatan ini dapat dilihat disini: Faiths and Environment (The Worlad Bank Project, 2000-2005) (Pdf).
Sejumlah proyek kecil dijalankan dengan bantuan grant dari Rufford Small Grant, UK sebagai kegiatan percontohan mulai dikembangkan dengan menggalang pilot project di Pondok Pesantren Darul Ulum Lido, Bogor Jawa Barat, khusunya dalam membangun pemahaman tentang konservasi alam.
- Introducing the Islamic Hima and Harim System as a New Approach to Nature Conservation in Indonesia Phase II
- Conservation Education for Pesantren in Riau
Kegiatan tersebut terus berlanjut, dengan mengadakan pelatihan dan ceramah di pesantren tentang lingkungan hidup. Bekerjasama dengan IFEES, UK menggalang pendanaan untuk inisiatif School4 Trees, kerjasama sekolah di UK dan pesantren di Indonesia. Pada tahun 200, beliau mengadakan fund raising, berceramah di Toynbee Hall London, dalam Charity Dinner dengan makanan Indonesia.
Lihat: Al Aqsa School, UK Menanam Pohon di Pesantren
Konsentrasi bertahun tahun ingin menjadikan pesantren dapat berkontribusi pada lingkungan, kemudian dibuatkannya sebuah disertasi yang diterbitkan menjadi Ekopesantren: Bagaimana Merancang Pesantren Ramah Lingkungan?
Upaya ini terus berlanjut dan secara berkesinambungan akan terus dibangun jaringan melalui laman ekopesantren.